舞台は西暦2087年。月に誕生した軍事政権による統一国家・ギガノス帝国が地球連合に対して一方的に独立を宣言し、宣戦を布告。戦火はスペースコロニーと地球本土に拡大し、月面のマスドライバーやメタルアーマー (MA) などの兵器によって、地上の7割はギガノスに占拠されていた。　　そんな中、スペースコロ

　　中学女生Nayuta在回家路上救了一个和母亲一起被外星人追杀的小男孩Kiro。因为好奇Nayuta戴着Kiro头上戴着的形状类似戒指的金属头饰去学校上学，被假扮成老师的外星人盯住。外星人在烧毁Nayuta的家致使其父母身亡后抓走了Kiro。Nayuta在同样头上带金属环的龙太郎带领下和同伴们会合

　　小新一家还有风间，妮妮，正男，阿呆一起报名动感超人周年纪念南海之旅，就在动感超人电影的船上首映会上，突然出现了一群粗暴的猴子将大人们都掳走了。春日部防卫队为了救出大人们而出动，小新一行人冒险渡海到南海上的一座荒岛希望可以查出发生了什么事，但本应在船上小葵和小白竟突然出现，小新还发现另一辆古怪的船