距今超过六千年的远古世界，天地割裂的凄惨战争持续不断，毫无还手之力的人类被拥有强大力量的各个种族逼入绝境，濒临灭亡。此时率领人类的年轻领袖里克，与机凯种少女休比偶然相遇。被同伴抛弃的休比，为了修复故障，拜托里克把“人类的心”告诉自己。机凯种少女的单纯与真诚，使得里克对休比逐渐放下戒备、敞开心扉，

　　故事发生在一个几乎人人都会使用魔法的世界之中，艾妮丝菲亚（千本木彩花 配音）是帕雷提亚王国的公主，在童年时代，她意外的重获了前世的记忆。但因为无法使用魔法，艾妮丝菲亚在贵族之中饱受轻视。　　但对于乐观积极的艾妮丝菲亚来说，这并不会使她感到苦恼，她建立了独特的魔法理论，专注于研究通过科学的手段达成

　　身在魔王军却不会使用魔法的暗黑士兵达利艾尔，　　以自己的才智和行动力爬上了四天王辅佐之位大显身手。　　然而在四天王刚一换代，达利艾尔就被解雇了。　　大失所望的达利艾尔彷徨在森林中，无意间遇到了一名被怪物袭击的少女！　　拯救了少女的达利艾尔在少女的“盛情招待”下来到了人类的村子。　　本想在暴露自己

　　少女成濑顺（水濑祈 配音）有着一段不堪回首的童年往事，曾经，年少无知的她因为口无遮拦，导致了家族的悲剧，而她本人亦被封印了言语，无法再开口说话。这样的顺终日生活在悲伤之中，和所有人都保持着距离，紧紧的关闭上了心门。　　某一天，浑浑噩噩迷迷糊糊的少年坂上拓実（内山昂辉 配音）、因为受伤而无法完成棒

　　《屠杀器官》的舞台将设定在赛拉耶佛核爆后的地球，此时部分落后国家爆发了一连串内战及民族冲突，在这血腥风暴之中，美国特殊情报部队「克拉维斯（クラヴィス）」发现了在阴影之下有一名叫「约翰?保罗（ジョン?ポール）」的美国人参与其中，约翰路过之处必定掀起腥风血雨，这让众人疯狂的 「屠杀器官」到底是什么？

　　剧场版《文豪野犬 DEAD APPLE》，于2018年初春上映，剧场版动画依旧由骨头社制作，而且制作阵容和声优基本沿用TV动画。

成为“第三次冲击”元凶的碇真嗣，变得像废人一样……真嗣还能振作起来吗？2012年《福音战士新剧场版：Q》之后，这部动画讲述了被封印的故事的后续。