宇宙世紀(U.C.)0093年，成為新吉恩總帥的夏亚·阿兹纳布尔對於依然被地球重力所束縛的人類靈魂感到絕望，決心以激烈的手段加以肅正。查知此事的地球聯邦軍王牌駕駛阿姆罗·雷與其所屬的朗德·贝尔艦隊一起與夏亚所領導的新吉恩軍展開最後的決戰...

汗夫人计划建立一个由埃斯珀斯统治的千年王国。联邦陆军情报局局长山木要求超级战士洛克配合调查。另一方面，为了打败洛克，可汗将一个名叫杰西卡的女孩培养成一个特殊的超能力杀手，失去了她的记忆并接近了山木。杰西卡有能力中和精神力量并摧毁埃斯珀。而山木和杰西卡在不知道自己被人操纵的情况下被彼此吸引。最后，洛克

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　　从五次元而来的邪恶军团“嘉克帝国”开始准备进攻地球了。而阻挡他们的是从古代开始就保护地球的艾鲁多兰和他所驾驶的雷神王。可是，雷神王被帝国的司令官贝路塞夫卑鄙的手段所伤，而坠落到地球……　　雷神王坠落到阳升学园里，艾鲁多兰将操纵雷神王的雷神金属托付给5年3班的学生后逝去……就这样，只有小学生参加的

　　亚里安（中原茂 配音）本是普罗米修斯和潘多拉的孩子，然而潘多拉在还未生下亚里安之时就战死了，普罗米修斯拼尽全力才让亚里安有了降临这个世界的机会。之后，普罗米修斯因为盗取圣火而遭到了宙斯的处罚，亚里安辗转被德墨忒尔收养，可很快，德墨忒尔也遭遇了悲惨的命运，冥王哈迪斯趁机掳走了亚里安，令他相信自己是

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　　宇宙世紀(U.C.)0093年，成為新吉恩總帥的夏亚·阿兹纳布尔對於依然被地球重力所束縛的人類靈魂感到絕望，決心以激烈的手段加以肅正。查知此事的地球聯邦軍王牌駕駛阿姆罗·雷與其所屬的朗德·贝尔艦隊一起與夏亚所領導的新吉恩軍展開最後的決戰...

　　平和な町・青空町の忍者屋敷に住む青空小学校4年1組の霧隠虎太郎は400年以上続く霧隠流忍者の跡取り息子で、今日も修行を抜け出して遊びに行こうと父親の藤兵衛と親子喧嘩に発展。ところが、爆弾を投げた藤兵衛が誤って全宇宙の支配を目論む大魔界の暗黒魔王ゴクアークが封印された大岩を壊してしまう。蘇ったゴク